如果车主开车时用手机导航被交警认定为违规并扣 3 分罚款 200 元，可能有以下原因：

1. **操作了手机**：

- **手动设置导航或查看导航信息**：在车辆行驶过程中，如果车主用手点击手机屏幕以更改导航目的地、放大或缩小地图、查看详细的导航路线等操作，这就属于违规行为。即使是短暂地操作手机，也会被认为是妨碍安全驾驶，因为这会分散驾驶员的注意力，使驾驶员无法全神贯注地关注道路状况，增加发生交通事故的风险。

- **接打电话或回复信息**：有些车主在开车过程中，可能手机导航正在运行，此时如果有电话打进来，车主接听了电话或者查看、回复了短信、微信等信息，这种情况下，交警会以“驾驶机动车时使用手持电话”的违规行为进行处罚，而不仅仅是针对使用手机导航这一行为。

2. **手机放置位置影响驾驶**：如果手机放置的位置不合理，比如放置在方向盘上、驾驶员腿上或者是其他容易影响驾驶员操作或者阻挡驾驶员视线的位置，即使车主没有操作手机，交警也可能认为这种放置方式存在安全隐患，从而认定为违规使用手机导航。

3. **视线长时间脱离前方道路**：如果车主过度关注手机导航，视线长时间停留在手机屏幕上，而不是关注前方道路的交通状况，这也会被交警认定为妨碍安全驾驶。即使车主没有用手操作手机，但这种行为同样会影响驾驶安全，因此可能会受到处罚。

总之，使用手机导航本身并不违法，但在开车过程中必须确保不操作手机、手机放置位置合理且不影响驾驶、视线不长时间脱离前方道路，否则就可能会被认定为违规并受到相应的处罚。如果车主对处罚有异议，可以通过合法的途径进行申诉。