车主把车牌扔到后备箱的行为是严重的交通违法行为，受到罚款6500元扣12分的处罚是合理且合法的，原因如下：
1. **违反号牌使用规定**：
- 车牌是车辆合法上路的重要凭证，根据交通法规，车辆上路必须正确悬挂车牌。将车牌放在后备箱而不按规定安装在车辆的指定位置，属于未按规定悬挂号牌的行为。这种行为严重干扰了交通管理部门对车辆的识别和监管，影响了正常的交通管理秩序。
2. **存在安全隐患**：
- 不悬挂车牌会让一些驾驶员产生侥幸心理，从而更容易出现超速、闯红灯、逆行等危险驾驶行为，极大地增加了交通事故的发生概率。一旦发生交通事故，不悬挂车牌的车辆逃逸的可能性也会增加，这给事故受害者的权益保护和后续的事故处理带来了极大的困难。
3. **破坏交通管理秩序**：
- 如果部分车主随意不悬挂车牌或不按规定使用车牌却没有得到应有的严厉处罚，会在一定程度上引发其他车主的效仿，导致这种违法行为的增多，从而破坏整个交通管理秩序，影响道路的安全和畅通。
总之，交通法规对车牌的使用有明确的规定，车主必须严格遵守，以确保道路交通安全和交通管理的正常进行。
