副驾驶上放箱子不会扣分,但是需要注意箱子的尺寸不能违反装载要求,特别是不能影响驾驶员的视线和安全。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》,驾驶机动车载货时,如果长度、宽度、高度超过规定,将被记1分。根据《中华人民共和国道路交通安全法》,机动车载物时应符合核定的载质量,不得超载,长、宽、高也不能违反装载要求,否则将被处罚。此外,不得在机动车驾驶室前后窗范围内悬挂、放置妨碍驾驶人视线的物品。但是,根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》,载客汽车除车身外部的行李架和内置的行李箱外,不得载货。因此,副驾驶座上可以放小一些的箱子,但要注意尺寸,以确保安全驾驶。