纯电动车从99%到100%充电时间较长的原因主要有以下几点：

1. 电池技术。

电动汽车的充电过程就是锂离子从负极脱出，穿过隔膜和电解质，扩散到达正极的过程。因此，电池内部锂离子扩散的速度越快，电池的充电速度也越快。虽然可以通过增加充电电流来影响锂离子扩散速度，但过大的充电电流会导致电池内部结构损坏，影响电池性能和使用寿命，甚至引发热失控。因此，不同的电池材料制作的电池，其充电速度也会有所不同。

2. 剩余电量。

观察动力电池的充电过程，我们会发现，电池的充电速度并不是呈线性的。在不同的剩余电量值(SOC)下，充电速度也会有所不同。一般来说，电池的剩余电量在20%-90%之间时，充电速度特别快，因此，整个充电过程可以看作是慢-快-慢的规律。这也是为什么纯电动车在充电到99%时充电速度会明显变慢的原因之一。

3. 电池温度。

在低温环境下，电池里的电解质会变得黏稠，使得锂离子扩散变得艰难，从而影响充电速度。

4. 电网电压。

虽然充电桩的充电功率是固定的，但在用电高峰期，电网电压也会有所下降，从而影响充电功率，使充电速度下降。

5. BMS管理策略。

电池充电时会释放热量，优秀的BMS管理系统可以及时对电池的温度进行干预，使其在最佳温度下工作。如果电池温度过高或过低，都会影响充电速度。因此，BMS的管理策略对充电速度也有一定的影响。

总的来说，以上几个因素都会影响纯电动车从99%到100%的充电时间。为了提高充电速度，可以采用更好的电池材料、优化BMS管理策略，以及在适宜的温度下进行充电等方式。这些措施可以提高电池的充电速度，减少充电时间，提高纯电动车的使用效率。