手自一体变速箱实际上是在自动挡基础上，增添了手动换挡的功能。虽然它本质上是自动挡，但驾驶员在手动模式下可以参与换挡操作。然而，这些操作仍需经过变速箱控制单元的许可。需要明确的是，手自一体变速器并非鸡肋。

当使用手自一体变速箱的手动模式时，驾驶员在起步时可以将波棍推至手动位置，选择一档起步。随着车速的提升，可以逐渐加档。例如，当车速达到大约30公里/小时时，可以加到三档；当车速达到50公里/小时左右时，可以加到四档。

在自动挡模式下行驶时，驾驶员可以随时将波棍拨至手动位置，进入手动模式。此时，变速箱会自动转到当前所处的档位。

在刹车或减速时，变速箱会自动减档，无需手动操作。但如果驾驶员希望强行减档，只需向后拨动波棍即可。需要注意的是，手动模式下变速箱只会自动退档，一般不会自动进档。

加减档时，是否松开油门对操作没有影响。

如果没有达到相应的速度或转速要求，即使拨动波棍也无法成功加档。

手动变速箱由于没有自动变速箱的液力耦合器，因此通常更为省油。特别是在城市道路行驶时，相较于同一辆车使用自动变速箱的情况，手动变速箱可以节省1-2L/100公里的燃油消耗。同时，手动变速箱也能让驾驶者更充分地体验驾驶的乐趣。

手自一体变速箱的设计目的在于结合自动挡的便捷性和手动挡的操控性。它允许驾驶员在特定情况下介入换挡操作，从而在某些情况下提高燃油经济性和操控性能。例如，在城市拥堵路况下，驾驶员可以随时切换回自动挡模式以减轻驾驶负担。因此，手自一体变速箱兼具自动挡和手动挡的优点。

然而需要明确的是，手自一体的手动模式并不等同于纯手动变速器。在使用手自一体的手动模式时，车辆的电脑系统仍会对操作进行一定程度的干预。例如，在时速100KM的情况下试图将档位降至1档或2档是不现实的因为电脑会拒绝执行这样的操作；同样在时速20KM的情况下也无法将档位提升至5、6档。手自一体变速器的手动模式主要用于特定场景如下坡时通过人为降档利用发动机的制动力来减少刹车系统的负担和热衰减从而提高行车安全性。