对于配有自动启停系统的车辆，一般默认是开启自动启停功能的。但是，车主可以直接按下自动启停按钮，仪表台会提示系统关闭。如果想要再次使用此功能，只需重新按下按键进行开启。
首先，频繁的启停发动机会对相关部件，如起动机和蓄电池造成损害，尽管带有自动启停系统的车都会采用增强型启动机和蓄电池，但实际使用中，它们的故障率会高于未搭载自动启停系统的普通车辆。
其次，各个品牌的自动启停系统设计也有所不同。一些车型的启停逻辑把握不准，有时长时间停车启停系统没有动作，而在收费站刷卡时轻轻一脚刹车却让它自动启动。另外，启动时噪音和震动较大，也是乘坐者最为诟病的一项缺点。
最后，如果遇上严重堵车，发动机停止工作的时间较长，燃烧室温度降低，未完全燃烧的碳氢氧化物和石蜡会形成积碳附着在气缸内壁。如果油品不好，情况会更严重。积碳会导致油耗增加、动力变弱，本是为降低油耗设计的自动启停功能，反而会增加油耗。
