ETC停车扣款是通过在车辆挡风玻璃上安装的ETC感应卡来实现的。这张卡内预存有金额，当车辆进入停车场或收费站时，ETC系统会记录进入时间，并在车辆驶离时记录离开时间。系统根据时长计算费用，并从预存金额中扣除停车费或高速费。
ETC的扣费原理是基于车载装置与公路数据采集处理系统之间的交互。当车辆进入不停车电子收费通道入口时，站级装置会读取车载装置内的车辆信息。该数据管理中心会对通行车辆进行分析，形成扣费交易数据并上传至银行。银行完成交易处理后，会实时返回扣费结果至数据管理中心。
目前，一些停车场也支持使用ETC支付停车费。如果停车场入口处有允许使用ETC支付的标志，或者车主主动询问停车场工作人员，就可以选择ETC扣款方式支付停车费。ETC扣款方式方便快捷，车主只需经过感应区，系统会自动计算并扣除停车费，省去了车主排队支付、找零的时间，提高了车辆通行效率。
