摩托车改短尾被交警查处后会被处于驾驶证扣9分的处罚。摩托车改装成短尾属于非法改装，因为短尾结构已经改变了摩托车原有的外形以及结构，这和原驾驶证上的摩托车照片不符，所以是一种非法改装行为，而且年检时也不会给予通过的。
根据《道路交通安全违法记分管理办法》第九条：机动车驾驶人有下列交通违法行为之一，一次记9分：
（一）驾驶7座以上载客汽车载人超过核定人数百分之五十以上未达到百分之百的；
（二）驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速百分之五十以上的；
（三）驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法停车的；
（四）驾驶未悬挂机动车号牌或者故意遮挡、污损机动车号牌的机动车上道路行驶的；
（五）驾驶与准驾车型不符的机动车的；
（六）未取得校车驾驶资格驾驶校车的；
