从2005年起，这座重要的交通枢纽实施了严格的管理措施，禁止非本地号牌的机动车，包括大型货车和客车，全天候行驶，旨在缓解大桥的交通压力。当地小型客车和公交车则可以通行，但对于外地车辆，除非持有特定通行证，否则可能会面临100元罚款并扣除3分的处罚，当然，外地车辆可以选择走其他如二桥或三桥的替代路线。
为了平衡货运需求和民生保障，长江大桥在特定时间（23:00至次日6:00）对当地小型及以下货车实行通行证制度，允许其行驶，但重型货车是严格禁止的。此外，南京市长江隧道的限行规则有所不同，黄牌大货车、摩托车、电瓶车和9座以上客车受到限制，但对外地小型车并无特别限制。然而，蓝牌货车在早晚高峰期间享有特定的行驶特权，需遵守早7:00至9:00和晚17:00至19:00的限行时间，以及80公里/小时的限速规定，任何超速行为都将受到100元罚款和3分的记分。
在行驶过程中，无论是南京长江大桥还是长江隧道，驾驶员都必须严格遵守规定，确保安全行驶，避免不必要的违规行为，以免影响自身和他人的行车安全。
