奥迪A6L的空调关闭按钮是OFF键，按下该按钮即可关闭空调。
同时，来自外界的气流会被阻断。如果在前部按下OFF键，那么关闭的是前后空调。如果在后部按下OFF键，那么关闭的是后部空调。要再次开启空调装置时，只需在相应显示屏上随意点按一个按键即可。
奥迪A6L采用分区空调，可以在中控空调面板以及MMI显示屏中进行设置。当车辆在阳光下晒得很热时，可以使用空调系统迅速降低车内温度。此外，空调系统也可以以ECON模式运行从而节省燃油。
自动空调的功能包括车内温度和湿度自动调节、回风和送风模式自动控制以及运转方式和换气量控制等功能。电控单元将根据驾驶员或乘客通过空调显示控制面板上的按钮进行的设定，使空调系统自动运行，并根据各种传感器输入的信号，对送风温度和送风速度及时地进行调整，使车内的空气环境保持最佳状态。
