机动车不按照交通指示灯通行将被扣6分，并处以警告或者二十元以上二百元以下罚款。这是根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十条的规定。该法规列出了以下交通违法行为：

1. 驾驶校车、公路客运汽车、旅游客运汽车载人超过核定人数未达到百分之二十，或者驾驶7座以上载客汽车载人超过核定人数百分之二十以上未达到百分之五十，或者驾驶其他载客汽车载人超过核定人数百分之五十以上未达到百分之百的；

2. 驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速未达到百分之二十，或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速百分之二十以上未达到百分之五十的；

3. 驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆以外的机动车在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速百分之二十以上未达到百分之五十，或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速百分之五十以上的；

4. 驾驶载货汽车载物超过最大允许总质量百分之五十以上的；

5. 驾驶机动车载运爆炸物品、易燃易爆化学物品以及剧毒、放射性等危险物品，未按指定的时间、路线、速度行驶或者未悬挂警示标志并采取必要的安全措施的；

6. 驾驶机动车运载超限的不可解体的物品，未按指定的时间、路线、速度行驶或者未悬挂警示标志的；

7. 驾驶机动车运输危险化学品，未经批准进入危险化学品运输车辆限制通行的区域的；

8. 驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的；

9. 机动车驾驶证被暂扣或者扣留期间驾驶机动车的；

10. 造成致人轻微伤或者财产损失的交通事故后逃逸，尚不构成犯罪的；

11. 驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的。

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，将处以警告或者二十元以上二百元以下罚款。如果法规有其他规定，则按照相关规定进行处罚。