双离合变速箱的缺点主要有以下几个方面：
首先，双离合变速器的结构复杂，制造工艺要求较高，因此成本也相对较高。因此，配备双离合变速器的车型通常是中高档车型。
其次，尽管双离合变速箱能够满足一般车辆的扭矩要求，但在激烈驾驶情况下，干式离合器可能会产生过多热量，而湿式离合器的摩擦力又不够。因此，扭矩问题也是双离合变速箱的一个缺点。
此外，双离合器变速箱的效率由于电控系统和液压系统存在，仍然不如传统手动变速箱，特别是用于传递大扭矩的湿式双离合器变速箱。
另外，当需要切换的挡位不在预备状态时，双离合器变速箱的换挡时间相对较长，甚至超过1秒。
最后，双离合器变速箱相比传统手动变速箱更重，早期的双离合器变速箱可靠性也不够好。
