大众新宝来的变速箱异响问题，可能是由多种原因引起的。其中，变速器齿轮异响通常是由于变速器油位偏低或变质、齿轮啮合间隙过大或过小、齿轮啮合不良引起的。啮合间隙过大时，主动齿轮转动时撞击被动齿轮发出撞击声，此响声通常随着变速器温度的越高而愈加严重。啮合间隙过小时，发出的异响声通常是连续不断的，有的较均匀，有的不均匀，而且车速越快，响声越严重，并且往往会使变速器的润滑油过热。另外，齿轮响声有时也因齿轮齿面碰伤发出，这种响声是不均匀的，有节奏的，而且油门越大，响声就越大，严重时会感到变速器的震动。变速器齿轮噪音有的是由于变速器制造时齿轮精度低而造成的，有的是在汽车修理时更换了新齿轮与原旧齿轮或者因操作不当导致啮合不好而造成的，这种响声是车速越快噪声越大，温度高润滑油变稀，响声加剧，此响声经过磨合后会逐渐减轻或消失。而变速器的滚动轴承发响通常是由于轴承间隙过大，或者轴承内座圈与轴配合以及外座圈与变速器壳配合松旷引起的。如果轴承滚珠有裂纹或有斑点，通常会发出破碎的响声。

针对大众新宝来的变速箱异响问题，我们可以从以下几个方面进行排查和解决：

1. 检查变速器油位和油质，如果发现偏低或变质，应及时更换或添加润滑油，并注意不要过度加注。
2. 检查齿轮啮合间隙，如果过大或过小，应及时调整，以避免齿轮发出撞击声或连续不断的异响声。
3. 检查齿轮齿面是否碰伤，如有，应进行修理或更换，避免发出不均匀、有节奏的响声。
4. 如果变速器制造时齿轮精度低或更换了新齿轮与原旧齿轮配合不当，应及时修理或更换，避免发出车速越快噪声越大的异响。
5. 检查变速器滚动轴承，如果间隙过大或轴承内座圈与轴配合以及外座圈与变速器壳配合松旷，应及时调整，避免发出破碎的响声。

总之，大众新宝来手动挡变速箱异响的问题可能由多种原因引起，需要进行细致的排查和解决。如有需要，建议前往专业的汽车维修店进行检修和维护，以确保汽车的正常运行和安全行驶。